Le Football Club de Libourne est fondé en 1935 par Georges Kany. Disputant sa première rencontre le 5 mars 1935 sur le pré Taillefer, le F.C.L. évolue ensuite sur le terrain des Sales puis utilise de temps en temps le terrain municipal : Plince. Cette dernière enceinte étant principalement dédiée au rugby, le F.C.L. se replie au stade de la Terrasse, nouvellement édifié. La Terrasse étant rasée après la seconde guerre mondiale, les Pingouins partagent alors le stade de la Plante avec l'équipe locale de rugby à XIII. Le club Libournais du président Jean-Antoine Moueix (1939-1979) gravit à vitesse grand V les échelons de la hiérarchie pour rejoindre dès 1948, puis en 1952, le C.F.A. Ses participations à la compétition majeure amateur française sont fugitives en raison d'un manque cruel de moyens. En 1965 est construit le stade actuel, en plein centre-ville : le stade Jean-Antoine Moueix alors d'une capacité de 2 800 places assises.
Après un séjour en Promotion Honneur ; le club réagit en devenant omnisports sous le nom de l'Association Sportive Libournaise section football (1966). Depuis cette date, Libourne joue les premiers rôles en Division Honneur de la ligue Sud-Ouest, accédant finalement en D3 en 1971 après avoir refusé l'accession en CFA en 1969 malgré le titre de champion du Sud-Ouest décroché par les Pingouins.
En 1975, le club connaît une saison délicate. Alors 16ème de finalistes de la Coupe de France, l'A.S.L. est condamnée à la descente en championnat. Repêchés de justesse, les Pingouins recrutent l'entraîneur André Menaut qui impose sa rigueur.
En 1979, après 40 ans de présidence, Jean-Antoine Moueix disparaît. Diminué par la maladie, il eut le temps de désigner un successeur : Alain Donné.
La saison 1979-80 est excellente. En Coupe de France, Libourne s'incline 2 à 1 après un match extraordinaire, face au finaliste de l'édition précédente : l'A.J. Auxerre. En championnat, à l'issue d'une course poursuite avec La Rochelle, Libourne accède en D2.
Les Pingouins ouvrent leur carrière en D2 par une victoire à domicile face à Avignon (2 – 0) devant 2 487 spectateurs. Malgré ce résultat prometteur, l'objectif du club est le maintien. Après onze journées, Libourne est lanterne rouge. Avant l'ultime journée, Les Blancs et bleus ne sont toujours pas assurés du maintien. La manche retour à Avignon est alors programmée. Face à une formation avignonnaise à la dérive, Libourne s'impose 3 – 0 et sauve sa tête en D2.
Fort de son expérience d'une saison dans l'antichambre de l'élite, Libourne entre sans complexe dans la bataille de la D2. Après cinq journées, le club pointe à la 4e place mais retrouvent bien vite le milieu de tableau. L'élimination en Coupe de France provoque une cassure qui fait plonger le club au classement. Une journée seulement avant la fin de saison, Libourne assure définitivement son maintien. Après deux saisons de présence en Division 2, Libourne cesse d'être considéré comme le petit nouveau. Le puissant voisin Girondin lui confie même quelques joueurs pour peaufiner leur formation comme le gardien Pierre Testas et l'avant-centre Patrick Sanz. Seulement, l'entraîneur André Menaut fixe comme objectif le maintien. Les Pingouins finissent cette saison 82/83 à la 14e place. Malgré cette troisième saison en D2, le public ne remplit pas les tribunes de Moueix. En octobre 1982 est crée le club de supporters.
Pour leur 4e saison en D2, le premier match est une défaite de 5 à 2 face au promu à Sète. En mai, Libourne est relégué. Alain Donné passe la main à Jackie Coldeboeuf.
Alors qu'ils sont en D3, une crise financière éclate en juillet 85. Bon nombre de joueurs s'en vont et André Menaut, l'entraîneur part à Saint-Seurin. Alain Donné revient alors à la présidence du club. L'équipe sera alors composée de jeunes. Dès la saison 87/88, sous l'aile du duo André Ferri / André Gallice, les Pingouins rejouent la montée en D2. Malgré une victoire lors du dernier match à Toulouse, c'est Rodez qui montera. En 1989, le club se doit de jouer les premiers rôles en D3 mais malheureusement n'accède pas à la D2 au terme de la saison.
En octobre 1990, Eric Cazaumajou succède à André Ferri comme entraîneur. Libourne n'a qu'un point au compteur. Mais, le nouvel entraîneur emmène son équipe à la 4e place ! En 1993, Libourne sera relégué, suite à une réforme des compétitions. Jean Alibert succède à Alain Donné tandis de Eric Cazamaujou est remplacé par Jean-Louis Petitbois. Une saison plus tard, beaucoup de départ affaiblisse le club qui se retrouve en CFA2 (D5) en 1997.
Lors de l'été 1998, sous l'impulsion de Jean ALIBERT et les soutiens de Marcel BERTHOME, Alain DONNE, et déjà Bernard LAYDIS, les clubs de Libourne et de Saint-Seurin ont procédé à un rapprochement pour donner naissance au F.C. Libourne-Saint-Seurin. Pierre Testas en devient le président. C'est alors Jean-Marc Furlan qui deviendra entraîneur de l'équipe fanion. Le coach parviendra à faire monter le club en CFA dès le printemps 1999 en étant premier du groupe F de CFA2.
Lors de leur première saison en CFA (1999-2000), les pingouins manquent de peu l'accession direct au National en terminant 5ème du groupe C de CFA.
La saison 2000-2001 est plus compliquée pour les hommes de Furlan qui terminent à la 11ème place dans le ventre mou du groupe C de CFA.
En mai 2001, Pierre Testas laisse sa place de président à Bernard Laydis.
Pour sa première saison (2001/2002) en tant que président, il connaît alors de belles émotions, en Coupe de France notamment. Lors des 32èmes de finale, Lille tombe alors que les Dogues sont 3èmes du championnat de L1. Le stade est alors bien rempli. Afin d'accueillir plus de spectateurs, le club et la municipalité de Libourne installent des tribunes inclinables autour de la main courante, portant ainsi la capacité d'accueil à 8 200 places. Metz tombe alors aussi, suivi par Châteauroux. Les pingouins atteignent alors le plus haut niveau de Coupe de France de l'histoire du club. Pour les quarts de finale face à Bastia, le match se déroule à Chaban-Delmas, à Bordeaux. Les Pingouins jouent alors devant 16 552 spectateurs qui les voient se faire éliminer 1 à 0 après prolongations et avec les honneurs.
En championnat, les hommes de Jean Marc Furlan réalisent un bon parcours mais la coupe de France leur a rendu la tâche compliquée pour la montée et les pingouins terminent 6ème du groupe C de CFA.
Lors de la saison 2002/2003, les Pingouins accèdent au National en terminant 1er du groupe D de CFA tout en rééditant leurs exploits en Coupe de France puisque Lyon (Champion de France de L1 en titre) puis Le Mans, au terme de ce qui reste la plus longue série de tirs au but de l'histoire de la Coupe de France (30 au total) sont éliminés sur la pelouse du stade JA Moueix. Et c'est finalement Rennes qui mettra fin à l'aventure des Pingouins en Coupe pour cette saison 2002/2003 par le score de 3 à 0.
Saison 2003/2004. Lors de leur première saison en National, les pingouins réussissent une très belle saison en accrochant une très belle 9ème place au championnat. En Coupe de France, les pingouins sont éliminés dès les 32èmes de finale par les Girondins de Bordeaux (2 à 0) lors d'une rencontre au stade Chaban-Delmas qui célèbre le football girondin devant plus de 20000 spectateurs. Cette saison est la dernière sur le banc pour Jean-Marc Furlan qui quitte alors le FC Libourne-Saint-Seurin pour rejoindre Troyes en Ligue 2.
Lors de la saison 2004/2005, André Menaut revient aux affaires pour succéder à Jean Marc Furlan. Les pingouins connaissent une deuxième saison de National un peu plus difficile en obtenant le maintien lors de l'avant dernière journée d'un championnat très serré. Le FCLSS termine à la 12ème place du National. En Coupe de France c'est un nouvel ogre de L1 qui se présente pour les 16èmes de finale au stade JA Moueix. En effet l'AS Monaco, dernier finaliste de la ligue des champions, vient défier le capitaine Régis Castant et ses coéquipiers. Les pingouins sont défaits 4 buts à 2 et quittent alors la Coupe de France en 16ème de finale. Le FCLSS reste le club amateur le plus régulier de ces dernières années et même de l'histoire dans cette compétition en ayant atteint 5 saisons de suite les 32èmes de finale.
En juin 2005, André Menaut est remplacé par Didier Tholot sur le banc et au poste d'entraineur.
La saison 2005/2006 restera gravée dans la mémoire de tous. Ce n'est pas en Coupe de France (élimination au 7ème tour) que les pingouins vont réaliser l'exploit mais bien en championnat National. Dès la 4ème journée, Didier Tholot et ses hommes s'installent sur le podium du National. Ils ne le quitteront plus. Cette saison est marquée par des moments de grande émotion. Didier Tholot trouve la recette pour donner à son groupe une âme de guerrier. La solidarité, l'abnégation sont les maîtres mots de cette équipe qui déjoue tous les pronostics de début de saison. Les pingouins terminent meilleure défense du National et ,après avoir tutoyé la place de leader à plusieurs reprises, surtout 3èmes du classement général. Cette place sur la troisième marche du podium permet au FCLSS d'accéder à la Ligue 2 Orange et donc au monde du football professionel. Cet évènement est une première historique pour ce club créé en 1998 par l'entente entre Libourne et Saint Seurin. Le stade JA Moueix va devoir être agrandit et le FCLSS rentre à présent au sein du club très fermé des 40 meilleurs clubs de l'hexagone.
LE PALMARES DU FC LIBOURNE SAINT SEURIN :
Champion d'Aquitaine Division Honneur : 1952, 1969, 1973, 1983 et 1984
Champion d'Aquitaine Division Honneur Régionale : 1988
Champion de Division 4, groupe G : 1987
Champion de CFA2, groupe F : 1999
Champion CFA, groupe D : 2003
Coupe d'Aquitaine : 1941, 1946, 1978, 1986, 1987, 1991 et 2004.
Coupe de France :
32èmes de finale en 2004
16èmes de finale en 1975, 1994, 2005
8èmes de finale en 2003
1/4 de finale en 2002
